截止至2022年7月13日，微构工场已经拥有授权的发明专利37项，具体明细如下：
| 编号 | 知识产权名称 | 类型 | 申请人 | 证号 |
| 1 | 以海水为介质生产燃料用碳氢化合物的方法及专用菌株 | 发明专利 | 北京微构工场生物技术有限公司 | CN201210369625.6 |
| 2 | 一种利用血红蛋白提高发酵细胞密度的方法 | 发明专利 | 北京微构工场生物技术有限公司 | CN201510845454.3 |
| 3 | 聚羟基脂肪酸酯PHA颗粒结合蛋白PhaP突变体及其制备方法与应用 | 发明专利 | 北京微构工场生物技术有限公司 | CN201610124594.6 |
| 4 | 一株自凝絮嗜盐菌及其应用 | 发明专利 | 北京微构工场生物技术有限公司 | CN202010493582.7 |
| 5 | 两亲性蛋白—聚羟基脂肪酸酯颗粒结合蛋白PhaP的新用途 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN201110007851.5 |
| 6 | 一种工程菌及其在生产中长链3-羟基脂肪0酸中的应用 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN201210422901.0 |
| 7 | 与调控蛋白PhaR相关物质的新用途 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN201310126407.4 |
| 8 | 一种通过增大细菌体积而增加微生物胞内内含物积累量的方法 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN201410260775.2 |
| 9 | 一种提高维生素B12产量重组菌的构建方法及其应用 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN201410645269.5 |
| 10 | 产3-羟基丙酸均聚物/共聚物的重组菌及构建方法与应用 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN201510349697.8 |
| 11 | 一种改进的生产聚羟基脂肪酸酯的方法 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN201810971946.0 |
| 12 | 一种通过外膜缺陷制备革兰氏阴性细菌感受态细胞的方法 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN201811036515.1 |
| 13 | 一种微生物生产短中长链聚羟基脂肪酸共聚物的方法 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN201811157102.9 |
| 14 | 一种改善的微生物培养方法 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN201811284552.4 |
| 15 | 一种微生物胞内大颗粒内含物的制备方法及其应用 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN201910259993.7 |
| 16 | 一种提取并纯化聚羟基脂肪酸酯的方法 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN202010012479.6 |
| 17 | 一种生产短中链聚羟基脂肪酸酯PHA及其功能衍生物的方法 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN202010074739.2 |
| 18 | 一种3-羟基丁酰化修饰蛋白质药物及其制备方法和应用 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN202110020782.5 |
| 19 | 3-羟基丁酸及其衍生物在治疗或预防免疫系统介导疾病中的应用 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN202110150307.X |
| 20 | 一种快速检测胞内聚羟基脂肪酸酯含量的方法 | 发明专利 | 清华大学 （转化进入微构工场） | CN202110798038.8 |
| 21 | 一种以低盐培养基培养嗜盐菌生产PHA的方法 | 发明专利 | 清华大学；北京微构工场生物技术有限公司 | CN202111140052.5 |
| 22 | 一种微生物基因表达命运共同体及其构建方法和应用 | 发明专利 | 清华大学；北京微构工场生物技术有限公司 | CN202111132136.4 |
| 23 | 聚(3-羟基丁酸-4-羟基丁酸-5-羟基戊酸)三聚物及其微生物生产菌株构建 | 发明专利 | 清华大学；北京微构工场生物技术有限公司 | CN202111244391.8 |
| 24 | 一种利用嗜盐细菌生产L-赖氨酸和/或1,5-戊二胺的方法 | 发明专利 | 清华大学；北京微构工场生物技术有限公司 | CN202210104740.4 |
| 25 | 3-羟基丁酸、4-羟基丁酸和3-羟基戊酸三元共聚物P(3HB-4HB-3HV)及其微生物生产 | 发明专利 | 清华大学；北京微构工场生物技术有限公司 | CN202210115391.6 |
| 26 | 3-羟基丁酰化和/或3-羟基戊酰化修饰胰岛素及其应用 | 发明专利 | 清华大学；北京微构工场生物技术有限公司 | CN202111536184.X |
| 27 | 一种厌氧-好氧深度耦合处理高固含率有机废水的方法 | 发明专利 | 恩格拜(武汉)生态科技有限公司（授权给给微构工场） | CN110790378A |
| 28 | 一种加强活性污泥法污水处理工艺 | 发明专利 | 恩格拜(武汉)生态科技有限公司（授权给给微构工场） | CN110510737A |
| 29 | 一种生化污水处理工艺 | 发明专利 | 恩格拜(武汉)生态科技有限公司（授权给给微构工场） | CN109305725A |
| 30 | 一种逐序处理污水的方法 | 发明专利 | 维克·恩格拜 | 恩格拜(武汉)生态科技有限公司（授权给给微构工场） | CN106430549A |
| 31 | 一种污泥分离/富集的方法 | 发明专利 | 维克·恩格拜 | 恩格拜(武汉)生态科技有限公司（授权给给微构工场） | CN106044876A |
| 32 | 一种超分子水凝胶材料的构建方法及应用 | 发明专利 | 淮阴师范学院（授权给给微构工场） | ZL201711200628.6 |
| 33 | 一种超分子组装体及其制备和形貌调控方法 | 发明专利 | 淮阴师范学院（授权给给微构工场） | ZL201611241146.0 |
| 34 | 一种寡聚核苷酸的纯化方法及应用 | 发明专利 | 淮阴师范学院（授权给给微构工场） | ZL201610721169.5 |
| 35 | 一种可控修饰的两亲性嵌段共聚肽、制备方法及其应用 | 发明专利 | 淮阴师范学院（授权给给微构工场） | ZL201510257274.3 |
| 36 | 一种杂化水凝胶材料的制备方法及应用 | 发明专利 | 淮阴师范学院（授权给给微构工场） | ZL201710936134.8 |
| 37 | 一种两亲性肽分子及其制备方法和应用 | 发明专利 | 淮阴师范学院（授权给给微构工场） | ZL201610426489.8 |
